中国边疆史地研究中心努力加大科研体制改革力度，力争办成精兵简政，有活力的开放性研究中心。其最主要的内容有二条：对内，坚持一专多能的人才培养要求和一人多岗的工作安排原则；对外，为了更好地发挥科研上的组织、协调功能，在边疆地区试办科研工作站。因此，在边疆地区试办科研工作站是办好开放性研究中心的重要一环。五年来边疆中心在云南大学、东北师范大学的大力支持下，先后成立了云南工作站和东北工作站。科研实践证明工作站的建立有利于边疆研究学科的整体发展；有利于边疆地区雄厚研究力量的合理调用；有利于中央与地方两个研究力量积极性的发挥。
云南工作站组建于1995年，常设机构设在云南大学历史系，西南边疆史地研究和云南毒品问题调研是研究工作的重点。1995年以来完成出版了《西南边疆开发史》（方铁、方慧著）、《西南通史》（方铁主编）的撰写，进行了四次云南毒品问题调研：二次在境内（西双版纳和德宏、保山），二次在境外（泰国北部金三角地区和越南北部），完成了相应的调研报告，正在进行云南边疆考察史、云南跨国婚姻问题及现状，云南跨境民族研究等研究项目。
东北工作站组建于1999年，常设机构设在东北师范大学历史系。在不到一年时间里成功地在长春召开了“全国首届东北民族与疆域问题”学术研讨会，出版了学术论集《黑土地的古代文明》，协助新闻媒体拍摄了《古城集安》、《神鼓王》和《抢救满文》三部有关东北历史与文化的专题片，组织了对渤海遗址的考察，组建了满族古文化研究课题组。同时学术专著《东北古代民族发展史》、《长白山考》也将于2000年底付梓。工作站还着力于东北边疆研究信息库的建设。
边疆中心正与共建单位云南大学和东北师范大学一起在总结经验的基础上，加大对工作站科研工作的综合调控力度，扩大与边疆地区研究者的合作范围，并创造条件在新疆、广西等边疆省区再设工作站，促进中国边疆研究的学科发展。
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